وبعد تعيينه مبعوثاً خاصاً إلى العراق، ركز سافايا على ملف الميليشيات بوصفه أحد أبرز ملفات الضغط الأمريكي، في إطار ربط الاستقرار الأمني بحصر السلاح بيد الدولة، إلى جانب ملفات التهريب والفساد وضبط الحدود.

وعقب بدء تحركاته، أبدت ميليشيات عراقية عدة، موافقتها على مسارات نزع السلاح أو إعادة التنظيم، غير أن أغلب هذه الجماعات اتجهت لاحقاً إلى العمل السياسي عبر المشاركة في الانتخابات، وتمكنت من تحقيق حضور واسع داخل البرلمان، وصل إلى نحو 100 مقعد نيابي، ما منحها ثقلاً سياسياً وتشريعياً مؤثراً، وأعاد الجدل حول الفصل بين النشاطين السياسي والمسلح داخل المشهد العراقي.