بعد ان تم تمريرها وما اضيف عليها في الساعات الاخيرة والتي احدثت خلافات كثيرة بين الحزب الديمقراطي وحكومة السوداني باعتبار انها خالفت الاتفاق بين المركز والاقليم قدم رئيس الوزراء محمد شياع السوداني طعناً لدى المحكمة الاتحادية العليا بعدد من فقرات قانون الموازنة العامة.
مصدر حكومي قال إن السوداني قدم طعناً لدى المحكمة الاتحادية العليا بعدد من فقرات قانون الموازنة مع طلب من المحكمة بإصدار (امر ولائي) لإيقاف تنفيذ تلك المواد بعد دخول القانون حيز التنفيذ لحين حسم المحكمة الطعن بدستورية تلك المواد، وكان عدد من نواب الاطار التنسيقي التابعين لفصائل مسلحة اجروا تعديلات كثيرة حملت مسودة الموازنة أعباء مالية ثقيلة سببت حرجا لحكومة السوداني خصوصا تلك التي أحدثت خلافا مع الحزب الديمقراطي برئاسة بارزاني.