لم يقف تأثير الخلافات والصراعات السياسية عند حدّ تحويل إقليم كردستان العراق إلى نظامين إداريين في كيان واحد فحسب، بل تعدّى الأمر إلى أن يشمل أبرز وأكثر الملفات حساسية وهو الملف الأمني والعسكري فيه.
حيث يرى مراقبون ان الخلافات وصلت الى الملف الأمني لتشمل قوات البيشمركة بين الحزبين الرئيسيين ما جعل لكل منهما أجهزة استخباراتية وأمنية وعسكرية وأخرى معنية بمكافحة الإرهاب خاصة بهما، كل حسب مناطق نفوذه، وأضافوا ان هذا الانقسام الداخلي جعل الإقليم في مرمى الانتقادات باستمرار ومن الحلفاء الدوليين الإستراتيجيين تحديدا، بسبب عدم تمكنه من توحيد قواته الأمنية تحت سقف مظلّة نظامية واحدة وبعقيدة وطنية مؤسساتية لا حزبية الامر الذي ينذر بتفكك الإقليم.
